Nu se ştie cu certitudine când a fost întemeiată mănăstirea Japca. Aflată la circa 45 km la sud de Soroca, pe o stâncă de piatră din apropierea Nistrului şi a satului cu acelaşi nume "Japca", ea a avut de la început un stabiliment rupestru. În anul 1693 are un donator de moşie, Ioan Turbă, consemnat într-o judecată din secolul al XVIII-lea. Tradiţia mănăstirească şi unele izvoare îl consideră drept prim întemeietor al mănăstirii rupestre pe călugărul Jezechil, care a venit de la schitul Deleni, din dreapta Prutului, pe la sfârşitul secolului al XVII-lea. Ulterior (pe la 1770), egumenul Feodosie a construit o biserică de lemn la poalele stâncii. În felul acesta, mănăstirea îşi lărgeşte amplasamentul alături de cel rupestru, dezvoltând un complex întins de chilii şi anexe şi prin 1812 are deja două biserici de lemn (inclusiv o clopotniţă de lemn) deasupra turnului de întrare în incintă. În anii imediat următori, schitul Japca, datorită situaţiei sale prospere, va obţine de la mitropolitul G.Bănulescu-Bodoni statut de mănăstire, iar în secolul XIX bisericile de lemn, împreună cu clopotniţa, au fost reconstruite din piatră. amplasamentul iniţial, rupestru, al mănăstirii a suferit şi el o restaurare în anul 1852.
Mănăstirea Japca continuă să existe şi astăzi pe stabilimentul iniţial, fiindu-i doar îmbunătăţite construcţiile, care s-au reconstruit ori s-au reînnoit din piatră. Ea a avut de suferit sub regimul sovietic, însă, cu toate încercările, n-a putut fi închisă ca şi celelalte mănăstiri. Atacurile activiştilor de partid au suferit eşec datorită stoicismului până la sacrificiu al călugăriţelor de aici, fiindu-i totuşi devastate unele edificii, inclusiv complexul cu biserica şi cele două chilii rupestre. Actualmente biserica rupestră după ce a fost reparată acum 4 ani, este funcţională şi în ea se săvârşeşte serviciul religios. Mănăstirea Japca se prezintă la ora actuală drept cea mai amenajată şi mai prosperă dintre mănăstirile din Republica Moldova.
Din cele relatate până aici reiese că pentru cunoaşterea începutului mănăstirii Japca un interes deosebit îl prezintă studiul asupra bisericii rupestre. Analiza structurii sale planimetrice şi arhitecturale s-a făcut prima oară în cadrul Societăţii Istorico-Arheologice din Basarabia la începutul secolului nostru. Într-un articol al unui preot rus Ioan Egorov, unde sunt însumate datele istorice ale mănăstirii Japca, culese în secolul al XIX-lea de alţi cercetători, se publică pentru prima oară planul bisericii rupestre şi al celor două chilii. În evaluarea sa, care poartă un caracter descriptiv, acest autor remarca în structura bisericii "trei compartimente inegale ale planului în afara de altar". Tot aici el face o descriere amănunţită a detaliilor, redând şi dimensiunile fiecărei părţi.
În perioada interbelică, cercetări asupra arhitecturii complexului rupestru de la mănăstirea Japca nu s-au întreprins. Putem menţiona doar lucrarea Arhimandritului Visarion Puiu, publicată în anul 1919 sub egida aceleiaşi Societăţii Istorico-Arheologice din Basarabia cu titlul "Monastiri din Basarabia", care adună la rândul lui într-un studiu monografic un scurt istoric al tuturor mănăstirilor din provincia care s-a unit cu Statul Român prin votul Sfatului Ţării de la 27 Martie 1918. În această lucrare se redă şi istoria mănăstirii Japca din perioada activităţii complexului rupestru.
După cel de-al doilea război mondial, în Basarabia, ocupată de Uniunea Sovietică, cercetările de orice gen vizând complexele monastice au fost interzise. Cu toate aceste, în câteva lucrări de istoria arhitecturii sau de prezentare a monumentelor, ieşite de sub tipar numai în limba rusă, se fac unele aprecieri sporadice, inclusiv asupra mănăstirilor rupestre. Dacă ne oprim la ultima lucrare care conţine şi repertoriul tuturor monumentelor cu evaluări succinte, constatăm faptul că analiza mănăstirii rupestre de la Japca nu s-a mers mai departe de prezentarea descriptivă de la începutul secolului XX. Dimpotrivă, din neputinţa de a explica lucrurile, se remarcă structural numai trei compartimente de plan, fără să se intervadă un stil anume sau să se facă o încadrare a acestei biserici într-un context istoric şi naţional concludent. Dacă deschidem o paranteză, trebuie să remarcăm, din păcate, că cercetătorii ruşi sau de limba rusă veniţi în Basarabia, aproape întotdeauna s-au străduit să atribuie monumentele rupestre culturii ruse vechi sau slave, de altfel, ca şi predecesorii lor conaţionali din perioada Rusiei ţariste. În aceste circumstanţe nimeni dintre cei care au cercetat mănăstirea Japca n-a încercat să o includă într-un context istoric al Ţării Moldovei sau general-românesc, cu atât mai mult (se ştie ostilitatea antiromânească promovată de autorităţile sovietice în RSS Moldovenească), - că acest lăcaş rupestru denotă clar trăsăturile sistemului adiţional alungit al bisericilor româneşti cumoscut pentru prima oară în arhitectura bisericilor de lemn.
Prezentând la general, o filiaţie cu bisericile de lemn din timpurilecele mai vechi, câteva compartimente de plan, adăugate unul alături de altul, despărţite la origine printr-un perete plin, străpuns probabil de o uşă – biserica rupestră de la Japca exprimă un program arhitectonic preluat din arhitectura religioasă cultă de zid. Detsul de individualizat în Ţara Moldovei, tipul adiţional alungit a cunoscut aicidezvoltarea sa maximă, inclusiv prin contribuţia adusă la sporirea numărului de compartimente de plan. Aşadar, cu toate că s-au consemnat până acum numai trei compartimente de plan, plus altarul (la Egorov), ele sunt în total patru compartimente de plan. Care sunt ele? Dacă reluăm descrierea bolţilor, realizată încă de preotul Ioan Egorov, remarcăm următoarele: "Tavanul bisericii este boltit (în semicilindru) şi dacă în primul compartiment (începând cu uşă) şi în al treilea semicilindru este pe lungime, într-al doilea este pe transversala edificiului. Caracteristicile relatate se păstrează şi după ultima reparaţie.
Comparând-o cu bisericile moldoveneşti, bolta în semicilindru, orientată pe transversală, era cea a gropniţelor. În felul acesta, edificiul cu patru compartimente de plan se redă în ordinea lui corectă în felul următor – altar, naos, iar al treilea compartiment reprezintă camera mormintelor din edificiile clasice ale bisericilor mari de mănăstire. Dacă analizăm şi structura celorlalte compartimente, sesizăm că ultimul este cel mai lung şi are două ferestre. Exact ca la pronaosul bisericilor menţionate, gropniţa este cea mai mică (iniţial ea a avut fereastră, dar s-a astupat recent), iar naosul este mai lat decât toate compartimentele, asemănător împreună cu altarul semicercular, cu un plan triconc. În felul acesta constatăm la Japca o biserică rupestră care reproduce planul bisericilor mari de mănăstire din arhitectura cultă de zid a statului moldovenesc din secolul al XV-lea; camera mormintelor, numită şi gropniţa, a apărut pe timpul voievodului Alexandru cel Bun. Să specificăm – preluarea modelului arhitecturii culte s-a produs mecanic, prin mijloacele plastice ale meşterilor populari dirijate de călugări, sau realizat chiar de călugării înşişi. Camera mormintelor într-o încăpere rupestră nu-şi are argumentarea. Cazuri cu morminte în biserici rupestre din Moldova nu s-au constatat. Lucrul imposibil de realizat şi din cauza dimensiunilor miniaturale ale lăcaşului rupestru din Japca, de numai 14 metri în lungime, spre deosebire de bisericile mari, care atingeau lungimea de 30-40 metri.
Să încercăm să concretizăm limitele de datare ale începutului construcţiei mănăstirii rupestre de la Japca. Tipul bisericilor mari de mănăstire s-a constituit în Ţara Moldovei în secolul al XV-lea, cum deja am menţionat prin prezenţa camerei mormintelor pe timpul lui Alexandru cel Bun. De un real suport la datarea bisericii ar putea servi compartimentul lipsă – al cincilea al bisericii, care încheia planimetric lăcaşele sacre şi anume pridvorul. Acesta a apărut pentru prima oară la Putna, fiind adăugat bisericii de aici înainte de anul 1484. Mai apoi acest element a fost reluat în toate bisericile mănăstireşti pe întreg parcursul al secolului XVI-lea şi mai târziu. Deci, biserica rupestră de la Japca, implicit perioada de început a mănăstirii, se trage de pe timpul lui Ştefan cel Mare, înainte de anul 1484, sau din timpul lui Alexandru cel Bun. La aceste considerente trebuie să mai adăugăm că, privind la planul în stâncă şi la amplasamentul pe terasă, pridvorul putea fi realizat în continuarea edificiului.
Între elementele asemănătoare cu cele ale arhitecturii de zid menţionăm şi bolta din altar care imită sfertul de sferă (concul) şi, lucru esenţial, trecerea ei spre bolta naosului prin arce etajate. Element îngenios în arhitectura stilului moldovenesc, dar nefiind necesare în cazul nostru, având doar un rol decorativ. La acest capitol de plastică decorativă trebuie să remarcăm faptul că biserica rupestră de la Japca se prezintă ca un monument de stil popular, cu un stil ornamental foarte sobru. Alături de aceste trăsături, nişa din partea sudică a naosului relevă că la această biserică s-au făcut lucrări şi pe la mijlocul secolului al XVII-lea, deoarece anume atunci concile laterale ale naosului erau înlocuite cu nişe scunde în interior, redate prin mici rezalite în exterior. În acest sens, elementul menţionat are o paralelă apropiată la biserica Sf. Dumitru din Orhei, construită de Vasile Lupu în anul 1639. La cele arătate până aici notăm o excepţie. În mănăstirea Dobrovăţ, construită de Ştefan cel Mare în anii 1503-1504, biserica are numai patru compartimente de plan, ca şi în cazul nostru la Japca, însă pronaosul are un plan aproape pătrat şi numai o singură fereastră pe latura.
În concluzie, întru completarea izvoarelor scrise, pe baza analizei arhitecturale putem accepta ideea că fondarea mănăstirii Japca în perioada de evoluţie de la statornicirea camerei mormintelor în bisericile mănăstireşti, până la apariţia pridvorului, adică din perioada lui Alexandru cel Bun sau cea a lui Ştefan cel Mare, înainte de anul 1484. Pe la mijlocul secolului al XVII-lea biserica "Înălţarea Sf. Cruci" a suferit unele modificări în partea sudică a naosului, iar uşile, imanente unei biserici moldoveneşti la trecerea dintr-un compartiment în altul, au fost înlocuite prin arcade mai largi în secolul XIX, atunci când are loc unificarea compartimentală a spaţiului interior.
Funcţionează în prezent şi se schimbă spre bine.
Este rezolvată problema cu curent electric, care a fost un mare dificit pe parcursul la mai mulţi ani. Turiştii ce vin sunt primiţi şi chiar cazaţi în chiliile mănăstirii.